En el siglo XVI con las disposiciones del Concilio de Trento (1545-1563) las guerras de la Contrarreforma de Carlos V y Felipe II, y el papel de la Inquisición favoreció el que la religión católica y sus manifestaciones religiosas estuvieran muy presentes en la vida cotidiana, influyendo en un mayor culto a las Imágenes.
A mediados de este siglo, las muestras de religiosidad popular en Córdoba y particularmente en Aguilar de la Frontera experimentaron un destacado auge, gracias al creciente desarrollo cofradiero, a la pujanza de las devociones locales, a la celebración de procesiones de Semana Santa y del Corpus, y a la labor de los predicadores que a través de sus sermones fomentan el interés y el entusiasmo del pueblo. Siendo la época en que aparecen en Aguilar las primeras hermandades peniténciales (Vera Cruz en los años centrales del siglo XVI, y Soledad entre 1580 y 1583).
En estos mismos años, en torno a 1593, nació la primitiva cofradía nazarena de Aguilar.
En cuanto a la celebración de la Pasión, pese a que hubo otras cofradías anteriores, los nazarenos tuvieron un amplio calado social, siendo una buena prueba de ello el hecho que se denomine a todos los penitentes de la Semana Santa como "nazarenos". Se introdujeron aspectos innovadores en los desfiles procesionales, siendo uno de los más significativos la presencia de penitentes descalzos con pesadas cruces de madera sobre los hombros, los de Aguilar incorporan una novedad al arrastrar cadenas de gruesos eslabones.
Dentro de este contexto, se produjo el nacimiento de la originariamente denominada Cofradía de Nazarenos, situándose en la Iglesia de la Parroquia de Ntra. Sra. del Soterraño.
Durante el siglo XVII, la provincia de Córdoba experimento un marcado apogeo, impregnándose de la estética barroca en contraposición de la sobriedad de siglos anteriores. Muchos de estos cambios fueron, como: una o varias trompetas para anunciar el paso de la procesión, las capillas de música acompañando a las imágenes, los palios de respeto, soldados romanos que representaban pasajes de la Pasión, como el Prendimiento, el aumento de pasos con imágenes secundarias, como Santa María Magdalena y la Verónica, la realización de imágenes de estilo barroco, la presencia de elementos que daban más lujo (las imágenes llevaban ricas joyas, ostentosa túnica, etc). Todo esto acompañado de un considerable incremento del número de cofrades.
En 1614 ya no aparece el primitivo nombre Cofradía de los Nazarenos, sino el de Cofradía de Jesús Nazareno, al que se le añadió posteriormente las palabras Nuestro Padre (a principios del siglo XVIII), y Real (a mediados de los años 80 del siglo XX) hasta configurar el actual de Real Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno.
Durante buena parte del siglo XVIII, continuo el auge barroco de la Semana Santa de Aguilar y sobre todo la Cofradía de Jesús Nazareno, incrementándose el fervor hacia la imagen titular, que se plasmó en obras materiales, Imagen nueva, construcción de la capilla y el camarín, el aumento de los cultos, el enriquecimiento patrimonial gracias a las donaciones de los fieles, etc.
En 1777 Carlos III, el monarca español promulgó un Real Decreto prohibiendo los disciplinantes y empalados, el recorrido nocturno de las procesiones, los bailes delante de las imágenes y el trabajo en los días de fiesta. Con lo cual en la villa de Aguilar le llego por el Decreto del Obispo de Córdoba en 1808. Todas estas medidas tenían como objetivo eliminar las celebraciones superfluas y, facilitar que los fieles se centraran en el recogimiento y la devoción durante las fechas más importantes para los cristianos.
El incumplimiento reiterado de estos decretos y el desarrollo de diversos incidentes, estuvieron a punto de provocar una alteración grave del orden público, provocando que los poderes del Estado intervinieran. Trevilla, en vista de los informes, decidió prohibir los desfiles procesionales de Semana Santa a través de una orden fechada el 2 de septiembre de 1817.
Todo esto perjudico el interés de la Semana Santa de Aguilar, ocasionando una aguda crisis y la desaparición de las cofradías durante varias décadas. En 1818, se produjo la desaparición de la Cofradía de Jesús Nazareno y su debilitamiento económico, provocado por las restricciones eclesiásticas, los prejuicios desamortizadores y las trabas políticas.
En 1848, José Marcelo García de Leaniz, caballero de la orden de Santiago, reorganizo la Cofradía de Jesús Nazareno, consiguió la erección canónica de la Cofradía el 31 de Diciembre de 1866 y la aprobación de sus estatutos diez años después. Un siglo después en 1958, la hermandad adopto la cruz de Santiago como insignia en homenaje a su promotor.
La Cofradía sufrió una fuerte crisis a partir de 1854, la cual estuvo a punto de ocasionar su desaparición. Crisis producidas principalmente por carácter político, ya que la Hermandad pasaba de unas manos a otras y la utilizaban en defensa de sus propios intereses.
En 1876 fueron aprobados los estatutos y el 2 de Febrero de 1879, José Marcelo García de Leaniz presentó su renuncia de Hermano Mayor perpetuo.
Hacia el 1901, la antigua Virgen de los Dolores (ahora bajo la advocación de María Santísima de la Amargura) quedó al margen del interés de la Cofradía Nazarena, que tendía a potenciar su imagen principal. Varios jóvenes devotos de la dolorosa decidieron crear una cofradía en 1901 para realzar esta advocación, pero varios individuos se negaron a cederla, por lo que compraron una nueva, en torno a la cual se formó la actual Cofradía de María Santísima del Mayor Dolor. Esto provocó una dura polémica al coincidir dos imágenes bajo la misma advocación, con lo que antepuso su salida a la 1 de la madrugada del Viernes Santo.
La imagen de la Virgen de los Dolores antigua debió seguir perteneciendo a la Cofradía de Jesús Nazareno, acompañándole en el desfile procesional, permaneciendo integrada en dicha cofradía hasta la fundación de la suya propia en 1926, cuando paso a denominarse Virgen de la Amargura para evitar suspicacias con la del Mayor Dolor.
En 1926 se acordó recuperar la costumbre desaparecida desde el siglo XIX de la participación de música en la procesión del Viernes Santo. En 1934 se creó la primera banda de cornetas y tambores de romanos en el seno de la Cofradía, realizando su primera intervención en la Semana Santa de 1935.
Durante los años 1951 al 1953, la Cofradía se vio envuelta en un proceso de equiparación con la Semana Santa de Sevilla, caracterizado por la construcción de un nuevo trono para el Viernes Santo, la adquisición del Simón de Cirene actual a una Hermandad sevillana, la confección de una túnica muy corta también para el desfile procesional y la eliminación de la peluca de Jesús.
Varias de estas medidas a la "sevillanización" de la Semana Santa aguilarense fueron asimiladas por otras hermandades de la localidad, como fue la sustitución de las tradicionales andas por tronos más grandes para los desfiles procesionales.
Durante el año 1955 se implanto la Bendición del Viernes de Dolores, se recuperó la procesión del 3 de Mayo y se incrementaron los cultos. Para la Semana Santa de 1961 se acordó realizar el acto del Prendimiento, debiendo desarrollarse tal y como se establecía en los Santos Evangelios.
En 1973 la Junta de Gobierno aprobó la readmisión de las mujeres en la Cofradía. Muestra de los cambios que se estaban operando en la hermandad, auspiciados por los jóvenes directivos que serían los encargados de liderarla en los años posteriores. A finales de este año se propuso en ambicioso proyecto de la compra de un local, situado en la Calle Moreno, que sirviese para guardar el trono y de salón social.
En 1982 se recuperó el acto del Prendimiento, que se ha mantenido a lo largo del tiempo como una de las actividades más características de la actualidad. En 1983 hubo un acontecimiento muy significativo y de mayor honor ocurrido en la historia de esta Cofradía, como fue el nombramiento de S. A. R. el Príncipe D. Felipe de Borbón y Grecia como Hermano Mayor de Honor. De ahí el nombre de Real Cofradía de Ntro. Padre Jesús Nazareno.
Se reorganizó la banda de trompetas y tambores de romanos de la Cofradía, bajo el título de Imperio Romano en 1984, que se mantiene hasta la actualidad. Y en 1985-1986 se restauró la imagen de Nuestro Padre Jesús Nazareno. Otros de los proyectos ambiciosos de la Cofradía por esta época fue la compra de un local mayor donde se pudiera celebrar las juntas generales y sirviera de lugar de ensayo para la banda, disponiéndose la venta del local de la calle Moreno y la compra del nuevo local en la calle María Coronel.
En 1990 se creó una banda infantil de cornetas y tambores, la cual se disolvió en Mayo de 1998 por falta de directores. Entre 1991 y 1992 se llevó a cabo la restauración del trono por parte de Miguel Arjona, el escultor que restauro la Imagen titular años atrás.
En 1993 hay que destacar uno de los acontecimientos más significativos en la historia de la Cofradía, como fue la celebración del IV Centenario de su fundación. Uno de entre todos los actos, era hacer una procesión para el 3 de Mayo que fue desechada por haberse celebrado ya varias en un corto periodo de tiempo y se propuso una ofrenda floral, con besapies para el viernes 13 de Mayo.
Esta ofrenda floral ha venido realizándose todos los años hasta la actualidad con motivo de la recuperación de la antigua tradición existente de celebrar el 3 de Mayo la Invención de la Santa Cruz.
El 8 de Marzo de 1997, los estatutos fueron aprobados por la Asamblea y enviados a la sede diocesana, siendo devueltos para que les introdujeran una serie de reformas acordes con el Estatuto Marco, las cuales, gracias a la gestión de la Comisión Gestora, fueron sometidas al acuerdo de la Junta General en Octubre de 1997. Finalmente, el Prelado cordobés refrendo las constituciones de la Cofradía el 25 de Febrero de 1998.
A partir de esta fecha se realizaron varios proyectos, destacando: en 1998 la introducción de un nuevo Prendimiento, cuyos diálogos y escenificaciones se basaban en los Santos Evangelios, la celebración del 150 Aniversario de la refundación de la Cofradía en 1999, las obras desarrolladas en la capilla y el camarín, como la limpieza del retablo de la capilla nazarena y de las yeserias del camarín también en 1999, la celebración del I Encuentro de Imperios Romanos Ciudad de Aguilar en el 2001, etc.
En el 2001 fueron completados los estatutos por unas Normas de Régimen Interno, bajo el título de Normas Complementarias de Régimen Interno, que reglamentan todos los aspectos relacionados con la Hermandad.